Podstawowe założenia modelu hydrolizy skrobi pod przy udziale enzymów amylolitycznych:

zestawienie symulacji z eksperymentem

Przykładowe zestawienie danych doświadczalnych z symulacją komputerową
(rozpatrywano hydrolizę skrobi przy udziale alfa-amylazy upłynniającej)

  1. Model opiera się na teorii zderzeń, przyjmującej że warunkiem koniecznym zajścia reakcji enzymatycznej jest zderzenie cząsteczki enzymu z cząsteczką substratu.
  2. Opracowany model enzymatycznej degradacji biopolimerów zakłada iteracyjność procesu. Każdorazowo określane jest miejsce ataku enzymu, a następnie, zgodnie ze specyfiką enzymu, rozpatrywane jest, czy enzym jest wstanie dokonać “cięcia” w określonym miejscu substratu. Dodatkowo mogą być rozpatrywane zderzenia enzymu z innymi cząsteczkami (np. inhibitorami lub produktami końcowymi reakcji).
  3. Rozpatrywanie są trzy typy zderzeń:

  1. W modelu zaproponowano nowy sposób opisu policukrowego substratu, nie poprzez podanie jego stężenia molowego (pozornie rosnącego w pierwszym etapie reakcji!), czy poprzez podanie stężenia masowego (stałego w początkowym etapie reakcji), lecz poprzez określenie ilości wiązań w polimerze mogących ulec zerwaniu w wyniku reakcji degradacji enzymatycznej.


Model enzymatycznej hydrolizy skrobi uwzględnia m. in.: